НДС с аванса при импорте товаров уплачивается в дату оплаты аванса, даже в том случае если фактическая отгрузка произойдет через год или больше. Принять же к вычету НДС можно только по факту постановки товаров на учет, т.е. после того, как они будут фактически ввезены в Россию, т.к. согласно действующим правилам документального оформления для вычета НДС необходимо предоставить счет-фактуру от поставщика (продавца). Это следует из п. 12 ст. 171 и п. 9 ст. 172 НК РФ, письма ФНС России от 12.08.2009 г №ШС-22-3/634@.
Вопрос, что делать с НДС, когда получили аванс, поднимался в следующих темах:
- http://www.glavbukh.ru/hl/70380-nds-s-avansa-pri-importe;
- http://forum.klerk.ru/showthread.php?t=471485 – отсюда можно почерпнуть рекомендацию запросить от поставщика авансовые счет-фактуры, но уже здесь - https://otvet.mail.ru/question/41096393 - этот вариант обговаривается, как применимый при взаимоотношениях только с российскими поставщиками (т.к. зарубежные контрагенты не обязаны работать по правилам документооборота РФ).
Если НДС при импорте уплачивается в форме перечисления таможне аванса, то уплаченный таможенному органу аванс можно будет принять к вычету только после прохождения товарами таможенного контроля.